Nama Kedungprahu jika dirunut secara harfiah barangkali nama tersebut bermakna suatu kedung (bagian dari sebuah sungai yang lebih dalam dan sisinya melebar) yang mampu dilalui oleh perahu. Namun, hampir dapat dipastikan di desa ini tidak terdapat kedung yang begitu dalam dan lebar hingga bisa dilalui perahu.

Namun menurut Moch Yusuf Asyhari (Seorang pelajar berketurunan asli dari Kedungprahu sekaligus pemegang legenda dari keturunannya) Nama Kedungprahu berasal dari sebuah kerajaan kecil atau bisa juga dikatakan sebuah keluarga besar yang mendapatkan problema yang juga diikuti oleh bencana. Berikut Legenda dari desa Kedungprahu;

Pada tahun 1838 sekitar perang Diponegoro, Ki Buyut Pandhe Bindheng musyawarah dengan Ki Biri dan Ki Gati sesama rekan kerjanya, membahas bagaimana caranya memberantas perampok yang meraja lela, karena Ki Buyut Pandhe Bindheng mendapat perintah dari Prabu Malang Negoro Adipati Kadipaten Tunggul (Sekarang menjadi Kabupaten Ngawi) dan menyanggupi perintahnya.

Disela musyawarah, tiba-tiba datanglah Bahu Caki meminta bantuan kepada Ki Biri untuk menyeberangi sungai menuju ke desa Kwadungan Kidul. Ki Biri menyanggupi permintaannya, kemudian Bahu Caki diperintah untuk pergi dan menunggu di tempat penyeberangan dahulu. Di sana ternyata sudah ditunggu oleh Bahu Kuncoro dan Bahu Daya teman Bahu Caki. Musyawarah kemudian diteruskan. Hasil dari musyawarah itu dapat disimpulkan bahwa apabila Bahu Kuncoro dan teman-temannya saat menyeberang menaiki perahu, berikan air degan yang sudah dicampur dengan racun untuk diminumnya agar Bahu Kuncoro pingsan. Untuk meyakinkannya, Ki Biri juga menemaninya minum, tetapi sebelum minum Ki Biri harus meminum penawarnya dahulu agar tidak ikut pingsan. Setelah pingsan ambil semua pusaka yang dibawanya.

Saat perahu dijalankan, Degan bekal yang dibawa Ki Biri yang sudah mengandung racun, diminumnya bersama-sama. Beberapa menit kemudian Bahu Kuncoro, Bahu Daya, dan Bahu Caki pingsan. Saat itulah kesempatan emas muncul, semua pusaka yang menjadi kesaktiannya dirampas oleh Ki Biri agar Bahu Kuncoro dan teman-temannya tak berdaya lagi. Bersamaan dengan itu, datanglah air bah besar disertai dengan ombak yang dahsyat. Sehingga perahunya meluncur ke dalam semak bambu tertimbun sangkrah, semua penumpangnya terpelanting ketepi sungai sebelah utara. Bahu Kuncoro, Bahu Daya, dan Bahu Caki ditangkap oleh masyarakat tanpa melawan karena semua pusaka yang menjadi kesaktiannya hilang. Oleh Masyarakat, Bahu Kuncoro, Bahu Daya, dan Bahu Caki dibawa menghadap pejabat Kadipaten Tunggul yang diwakili oleh Ki Demang Kromo Dongso. Setelah dimengerti, tujuan Bahu Kuncoro ternyata baik untuk rakyat kecil yang anti Belanda, Maka Bahu Kuncoro dan teman-temannya diberi ampun. Selain itu, Bahu Kuncoro diangkat menjadi pejabat dengan pangkat Demang Ki Bela Negara yang bertempat di Kademangan Dero. Setelah meninggal, Bahu Kuncoro atau Ki Bela Negara dimakamkan di desa Tawun kecamatan Padas.

Berhubung kejadian hancurnya perahu yang dibanggakan oleh masyarakat dusun Kedunggarja (kini pedusunan sebelah selatan jalan besar tepatnya Dusun Pilang Bangu dan Dusun Kedungprahu yang menjadi satu) dan Dusun Kedungmara (kini pedusunan sebelah utara jalan besar tepatnya Dusun Mendalan, Dusun Prahu Mandala, Dusun Mugu Raya, dan Dusun Mbandung yang menjadi satu), Maka dua Dusun tersebut, yaitu Dusun Kedunggarja dan Kedungmara menjadi satu dengan nama Kedungprahu untuk mengingat kejadian bersejarah bagi masyarakat Kedungprahu tentang terakhirnya perampok Bahu Kuncoro yang meraja lela se-Kadipaten Tunggul atau Kabupaten Ngawi, hingga Prabu Malang Negoro Adipati Kadipaten Tunggul memerintahkan semua desa waspada dan mencoba mencarinya.

Setelah itu Kedungprahu aman, tentram, makmur, dan lohjinawi dengan pemimpin Ki Biri kepercayaan masyarakat Kedungprahu dan yang berhasil Membereskan persoalan tentang perampok Bahu Kuncoro yang kemudian menjadi pejabat karena kemuliaannya. Keamanan, ketentraman, dan kemakmuranpun terus terjaga hingga sekarang ini walau dua dusun di Kedungprahu tersebut dipecah-pecah kembali.

Sumber : https://id.wikipedia.org/wiki/Kedungprahu,_Padas,_Ngawi